廈門海關(guān)始設(shè)于1684年，至今已有330年的歷史。目前下轄19個(gè)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)（副廳級1個(gè)，正處級18個(gè)），7個(gè)隸屬海關(guān)（副廳級1個(gè)，正處級6個(gè)），6個(gè)派駐機(jī)構(gòu)，6個(gè)緝私分局和3個(gè)事業(yè)單位，另有海關(guān)學(xué)會、報(bào)關(guān)協(xié)會和統(tǒng)計(jì)學(xué)會3個(gè)社會團(tuán)體?，F(xiàn)有關(guān)警員2035人（關(guān)員1651人、警員384人），平均年齡39歲，黨員比例69.74%，大學(xué)本科以上比例78.21%；離退休人員220人。另有執(zhí)勤武警官兵370人。

廈門關(guān)區(qū)地處海峽西岸中心區(qū)域和對臺工作前沿，管轄范圍包括廈門、漳州、泉州和龍巖4地市，總面積4.42萬平方公里，海岸線長1474公里。關(guān)區(qū)主要有三個(gè)突出特點(diǎn)：一是開放型經(jīng)濟(jì)發(fā)展水平較高。關(guān)區(qū)現(xiàn)有2個(gè)空港口岸、3個(gè)海港口岸和17個(gè)開放港區(qū)；有外商投資企業(yè)1.9萬家，各類監(jiān)管場所76個(gè)，進(jìn)出口總值約占福建省近8成。二是業(yè)務(wù)門類齊全。關(guān)區(qū)海、陸、空、郵、加貿(mào)等監(jiān)管業(yè)務(wù)一應(yīng)俱全，設(shè)有保稅港區(qū)、保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅物流園區(qū)等海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域4處、陸地港2處。此外，郵輪監(jiān)管、飛機(jī)維修監(jiān)管等業(yè)務(wù)也頗具規(guī)模。三是對臺特色鮮明。廈門市是全國唯一的對臺海運(yùn)快件試點(diǎn)城市，是全國最大的臺灣水果進(jìn)口集散地，大嶝對臺小額商品交易市場為全國首家，廈金、泉金直航“小三通”已成為兩岸交流往來的“黃金通道”，廈金建立了郵包總直封關(guān)系，對臺交流交往進(jìn)一步密切，關(guān)區(qū)對臺監(jiān)管業(yè)務(wù)發(fā)展迅猛。

十三屆全國人大一次會議審議通過的《國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革方案》明確“原國家質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)檢疫總局的出入境檢驗(yàn)檢疫管理職責(zé)和隊(duì)伍劃入海關(guān)總署”，目前關(guān)區(qū)轉(zhuǎn)隸工作已完成，機(jī)構(gòu)職能、組織機(jī)構(gòu)相關(guān)信息待新“三定”方案后更新。