上海外高橋港區(qū)海關，機構級別為正處級，承擔外高橋港區(qū)及相關海關監(jiān)管場所的各項海關業(yè)務。

機構設置：辦公室、行財科、人事政工科、督審科、群團科、綜合業(yè)務一科、綜合業(yè)務二科、物流監(jiān)控一科、物流監(jiān)控二科、物流監(jiān)控三科、物流監(jiān)控四科、物流監(jiān)控五科、查驗一科、查驗二科、查驗三科、查驗四科、查驗五科、查驗六科、查驗七科、查驗八科、查驗九科、查驗十科、技術檢查科、船舶監(jiān)管科、法制科、技術科。