為統(tǒng)籌做好2008年北京奧運會場館及配套設施建設的綜合組織和協(xié)調工作，2003年9月經市委、市政府批準成立了北京市奧運場館建設指揮部及其辦公室，并于2004年10月更名為北京市人民政府“2008”工程建設指揮部及其辦公室，圓滿完成了奧運工程建設任務，為奧運會殘奧會成功舉辦提供了有力支撐。2008年9月北京市人民政府“2008”工程建設指揮部辦公室被黨中央、國務院授予“北京奧運會、殘奧會先進集體”榮譽稱號。
奧運會結束后，市編委于2009年1月下發(fā)《關于北京市人民政府“2008”工程建設指揮部及辦公室更名等有關事項的批復》(京編委〔2009〕1號)，將北京市人民政府“2008”工程建設指揮部及其辦公室更名為北京市重大項目建設指揮部及其辦公室。
2009年9月，市政府辦公廳印發(fā)了　《北京市重大項目建設指揮部辦公室主要職責內設機構和人員編制規(guī)定》(京政辦發(fā)〔2009〕93號)，進一步明確了北京市重大項目建設指揮部辦公室(正局級，簡稱市重大項目辦)的主要職責、內設機構和人員編制等事項。

1.組織編制本市城市軌道交通工程項目和市政府交辦工程項目(以下簡稱重大項目)建設總體計劃，并督促檢查計劃執(zhí)行情況。
2.協(xié)調有關部門和單位推進重大項目的規(guī)劃、征地、拆遷等前期工作；協(xié)調市政府有關部門按總體計劃要求在項目建設各階段加快辦理各項行政審批手續(xù)。
3.協(xié)調、解決重大項目建設中的重大問題；協(xié)調落實工程建設安全、質量、工期、功能和成本“五統(tǒng)一”要求；承擔為建設單位及各參建單位服務的職責。
4.協(xié)調市政府主管部門監(jiān)督重大項目建設各方貫徹落實有關安全生產、工程質量、資金使用、招標與采購、合同履行等方面法律法規(guī)，落實“陽光工程”的各項要求；參與重大項目建設工程事故應急工作。
5.參與重大項目年度資金使用計劃的編制，協(xié)調、落實資金計劃的執(zhí)行。
6.組織推動新技術、新材料、新設備、新工藝在重大項目建設中的應用。
7.組織協(xié)調重大項目的竣工驗收、竣工結算和決算工作。
8.負責重大項目建設信息的收集、整理、統(tǒng)計和管理工作。
9.受委托負責中央單位在京重要建設項目的組織實施。
10.承擔北京市重大項目建設指揮部的具體工作。
11.承辦市政府交辦的其他事項。
12.在北京市棚戶區(qū)改造和環(huán)境整治領導小組及指揮部的領導下，研究擬定本市棚戶區(qū)改造和環(huán)境改造方案，并組織實施；承辦相關工作會議，督促落實議定事項；匯總、分析并報告相關工作開展情況；承擔領導小組、指揮部的日常工作。
13.在北京市2022年冬奧會工程建設指揮部的領導下，負責組織擬定北京2022年冬奧會和冬殘奧會由北京市承擔的奧運場館及相關配套工程建設的總體計劃，并組織實施；督促落實指揮部的各項議定事項；協(xié)調解決工程建設中的有關問題；承擔指揮部的日常工作。