作為引導(dǎo)基金支持科技成果轉(zhuǎn)化的重要方式之一，設(shè)立子基金的運作和管理充分體現(xiàn)了引導(dǎo)性、市場化和非營利性的特點。

在引導(dǎo)性上，通過政策激勵，引導(dǎo)金融資本、民間資本、地方政府資金以及其他投資者共同參與設(shè)立子基金，形成有效資本供給，并通過建立國家科技成果轉(zhuǎn)化項目庫，規(guī)定子基金對科技成果轉(zhuǎn)化的投資比例等措施，引導(dǎo)資本投向財政資金形成科技成果的轉(zhuǎn)化應(yīng)用。

在市場化上，引導(dǎo)基金作為母基金，不直接對科技成果轉(zhuǎn)化項目投資，也不參與子基金的日常管理。子基金完全按照公司法、合伙企業(yè)法的規(guī)定設(shè)立，其運營交由專業(yè)化創(chuàng)業(yè)投資管理企業(yè)負(fù)責(zé)，引導(dǎo)基金與其他出資人根據(jù)出資額享有同等權(quán)利和義務(wù)。

在非營利性上，引導(dǎo)基金不以營利為目的。在子基金存續(xù)期內(nèi)，子基金的股東（出資人）在同等條件下優(yōu)先購買引導(dǎo)基金所持的子基金股權(quán)或份額。轉(zhuǎn)讓時，對于發(fā)起設(shè)立的子基金，注冊之日起4年內(nèi)（含4年）購買的，以引導(dǎo)基金原始出資額轉(zhuǎn)讓；4年至6年內(nèi)（含6年）購買的，以引導(dǎo)基金原始出資額及從第5年起按照轉(zhuǎn)讓時中國人民銀行公布的1年期貸款基準(zhǔn)利率計算的利息之和轉(zhuǎn)讓。對于增資設(shè)立的子基金的，上述年限從子基金完成變更登記手續(xù)之日起計算。子基金存續(xù)期結(jié)束時，子基金的年平均收益率不低于子基金出資時中國人民銀行公布的一年期貸款基準(zhǔn)利率的，引導(dǎo)基金可將其不超過20%的收益獎勵子基金管理機(jī)構(gòu)。