負責機關(guān)日常運轉(zhuǎn)工作。承擔黨的建設(shè)、信息、安全、保密、信訪、檔案、政務(wù)公開、新聞宣傳、新聞發(fā)布及人大代表建議、政協(xié)委員提案辦理工作，起草對外發(fā)布規(guī)范性文稿和系統(tǒng)內(nèi)部規(guī)范性文件、文稿。

承擔機關(guān)和所屬單位的干部人事、機構(gòu)編制、勞動工資等工作，指導水利行業(yè)人才隊伍建設(shè)。

負責部門預算決算、內(nèi)部賬務(wù)收支規(guī)范實施和管理以及審計工作。承擔財務(wù)管理和資產(chǎn)管理工作。組織提出水利財政資金安排建議，并統(tǒng)籌協(xié)調(diào)項目實施的監(jiān)督管理和績效評價。提出有關(guān)水利價格、稅費、基金、信貸的建議。

組織開展大中型灌排工程建設(shè)與改造，指導農(nóng)村飲水安全工程建設(shè)與管理工作，指導節(jié)水灌溉有關(guān)工作。組織擬訂農(nóng)村水能資源開發(fā)規(guī)劃，指導水電農(nóng)村電氣化、農(nóng)村水電增效擴容改造以及農(nóng)村水能資源開發(fā)工作。指導農(nóng)村水利社會化服務(wù)體系建設(shè)。

指導水庫、堤防等水利工程的管理、保護和綜合利用。組織編制水庫運行調(diào)度規(guī)程并監(jiān)督實施，指導水庫、水電站大壩的運行管理與劃界。組織實施水庫工程管理和保護范圍內(nèi)工程建設(shè)方案審查。指導水庫新建規(guī)劃、計劃和除險加固等工作。組織編制洪水干旱防治規(guī)劃和防護標準、重要水工程的防御洪水抗御旱災調(diào)度以及應(yīng)急水量調(diào)度方案并組織實施。承擔水情旱情預警工作。承擔洪泛區(qū)、蓄滯洪區(qū)和防洪保護區(qū)的洪水影響評價工作。

指導水利工程建設(shè)管理，制定有關(guān)制度并組織實施。組織指導水利工程蓄水安全鑒定和驗收。指導水利建設(shè)市場的監(jiān)督管理和水利建設(shè)市場信用體系建設(shè)。督促檢查水利重大政策、決策部署和重點工作貫徹落實情況。組織實施水利工程質(zhì)量和安全監(jiān)督。指導水利行業(yè)安全生產(chǎn)工作，指導水庫、水電站大壩及農(nóng)村水電站的安全監(jiān)管。

起草有關(guān)地方性水利法規(guī)、縣政府規(guī)章草案，研究擬定水利工作的政策措施并監(jiān)督實施。指導水利行政許可工作并監(jiān)督檢查。承擔行政應(yīng)訴、行政復議和行政賠償工作。組織指導水政監(jiān)察和水行政執(zhí)法，協(xié)調(diào)跨鎮(zhèn)（區(qū)）水事糾紛，組織查處重大涉水違法事件，負責組織行政審批工作。

承擔水利工程移民管理和后期扶持工作，組織實施水利工程移民安置驗收、監(jiān)督評估等制度，審核大中型水利工程移民安置規(guī)劃，組織開展新增水庫移民后期扶持人口核定。協(xié)調(diào)落實南水北調(diào)工程有關(guān)重大政策和措施。指導監(jiān)督運行管理工作。組織開展南水北調(diào)有關(guān)后續(xù)工程前期和建設(shè)管理工作。推動南水北調(diào)對口協(xié)作工作。